США: свиноводческая отрасль отслеживает появление клонально-расширенной линии 1C.5 вируса PRRSV-2

Новый субклад вируса репродуктивно-респираторного синдрома свиней (PRRSV) Lineage 1C.5 продолжает распространяться, и осенью и зимой 2024 года его выявляли всё чаще.

С момента своего появления в 2020 году линия PRRSV-2 1C.5 стала доминирующей линией в циркуляции, заменив ранее доминирующую линию 1A в США.

Впервые сообщалось в отчёте Информационного центра по здоровью свиней за июнь 2024 года о мониторинге заболеваний в домашних хозяйствах. Новый субклад вируса репродуктивно-респираторного синдрома свиней (PRRSV) Lineage 1C.5 продолжает распространяться, и его выявляемость возросла осенью и зимой 2024 года.

Группа специалистов по диагностике из Университета штата Айова провела исследование, чтобы выявить изменения в тенденциях диагностики при обнаружении новой и клинически значимой клонально расширенной клады PRRSV-2 Lineage 1C.5. Члены исследовательской группы Рабса Насир, Цзяньцян Чжан, Филлип Гогер, Джовани Тревизан и Майкл Зеллер предоставили обновлённую информацию о текущей ситуации.

С момента своего появления в 2020 году линия 1C.5 вируса PRRSV-2 стала доминирующей в циркуляции, заменив ранее доминирующую линию 1A в США. На сегодняшний день ветеринарная диагностическая лаборатория ISU секвенировала более 6000 уникальных случаев линии 1C.5, что составляет примерно 72% от общего числа случаев линии 1C, секвенированных в их лаборатории с января 2020 года по середину декабря 2024 года. Многие из этих случаев связаны с клиническими проявлениями заболевания в производственных системах, где происходят вспышки РРСС. ISU VDL регулярно отслеживает разнообразие циркулирующих штаммов РРССВ с помощью как филогенетических, так и эпидемиологических методов, что привело к обнаружению новой дивергентной клады в Lineage 1C.5. Эта клада была примечательна всплеском генетически схожих последовательностей, обнаруженных за короткий промежуток времени, и считалась клонирующейся в популяции свиней. Здесь команда ISU предварительно назвала его Lineage 1C.5 — клонально расширенный кластер.

С июля 2023 года по декабрь 2024 года было выявлено 945 случаев заражения вирусом PRRSV с последовательностями ORF5, принадлежащими к этой кладе. Последовательности ORF5 этой клады демонстрируют высокое генетическое сходство: средняя разница в нуклеотидах составляет семь нуклеотидных оснований (сходство нуклеотидов 98,8%), хотя в целом клада имеет сходство 96%. Первый случай был выявлен на откормочной ферме в Айове 20 июля 2023 года, и большинство последующих случаев было выявлено на свинофермах в Айове (838), что указывает на региональную вспышку. Эта клонально расширенная клада Lineage 1C.5 была впервые выявлена за пределами Айовы в марте 2024 года, что указывает на возможность её распространения по всей стране. На сегодняшний день этот кластер был обнаружен в штатах Миннесота (36 случаев), Иллинойс (17), Миссури (15), Индиана (1), Небраска (1), Южная Дакота (1) и Висконсин (1), что свидетельствует о его распространении среди поголовья свиней. Этот кластер был обнаружен в основном на откормочных фермах (464 случая), а также на племенных фермах (101 случай) и в питомниках (62 случая); однако такое распределение может отражать ошибки выборки, а не истинную распространённость среди различных типов ферм.

Частота выявления случаев, связанных с этим кладом Lineage 1C.5, неуклонно росла в течение осенних месяцев (рис. 1). После незначительного, но заметного роста числа случаев в ноябре и декабре 2023 года в начале 2024 года произошёл значительный всплеск. Число случаев выросло с 13 в феврале до 110 к апрелю, то есть почти в десять раз. Хотя в летние месяцы число случаев снизилось, штамм сохранился и возродился осенью 2024 года. К октябрю число случаев выросло до 154, в ноябре — до 145, а по состоянию на 26 декабря — до 110. Примечательно, что всё больше случаев было зарегистрировано за пределами Айовы, что говорит о расширении географического охвата штамма.

Рисунки 1 и 2(Информационный центр по охране здоровья свиней)

Поскольку исследования этого клонально расширенного клада Lineage 1C.5 на свиньях ещё не проводились, для оценки потенциальных различий, которые могут указывать на изменения в клиническом воздействии вируса, использовались значения порогового цикла (Ct). Значение Ct, диагностический показатель ПЦР в реальном времени, указывает на наличие вируса в образце и полуколичественно отражает его количество. Средние значения Ct для всей линии 1C.5 зависят от типа образца: в образцах из лёгких Ct составляет примерно 17,3, а в образцах из ротовой жидкости — 28,9. Клонально расширенная линия 1C.5 демонстрирует аналогичную картину: Ct составляет 16,8 в образцах из лёгких и 27,9 в образцах из ротовой жидкости. Средние значения Ct для образцов лёгочной и ротовой жидкости, полученных от Lineage 1C.5 в целом, как правило, ниже, чем у Lineage 1A, что указывает на более высокую вирусную нагрузку. Средние значения Ct для Lineage 1A составляют 18,4 для образцов лёгочной ткани и 31,4 для образцов ротовой жидкости. Это указывает на более высокую вирусную нагрузку в среднем в образцах, положительных на Lineage 1C.5, по сравнению с Lineage 1A.

Байесовский филодинамический анализ показал, что генетическое разнообразие линии 1C.5 достигло пика в феврале 2023 года, но неуклонно снижалось в течение 2024 года, резко упав в ноябре 2023 года. Такая динамика снижения генетического разнообразия в сочетании с постоянным высоким уровнем выявляемости позволяет предположить, что генетический отбор благоприятствует штамму с преимуществом в передаче. С помощью филогенетических методов был рассчитан эффективный коэффициент репродукции, который отражает ожидаемое количество новых случаев, возникающих в результате одного положительного случая. Во время первой волны в ноябре 2023 года каждый выявленный случай приводил примерно к 2,7 новым случаям (точка A на рисунке 2). К марту 2024 года этот показатель временно снизился, но к марту 2024 года вырос до 2,7 (точка B), а к октябрю 2024 года (точка C) после летнего спада снова снизился примерно до двух.

Постоянный мониторинг генетического разнообразия PRRSV, включая новую линию 1C.5 и другие штаммы, имеет решающее значение для эффективного лечения PRRSV. Появление новой, дивергентной линии 1C.5, клонированно расширенной клады в Айове, за которым последовало ее распространение в других штатах, подчеркивает вспышку, которая требует пристального внимания, особенно в отношении ее потенциала стать доминирующей по всей стране. Генетический анализ, выявивший клональную экспансию в пределах линии 1C.5, указывает на повышенную трансмиссивность, в то время как более низкие средние значения Ct и более высокий коэффициент репродукции указывают на потенциальную повышенную вирулентность и распространение этой клады. Однако эти особенности, выявленные с помощью анализа последовательностей, нуждаются в подтверждении экспериментальными исследованиями с использованием инокуляции. Эти результаты подчёркивают важность постоянного мониторинга для снижения влияния вспышек РРСС на здоровье свиней, особенно при появлении новых штаммов в популяции свиней.