Повышение потребительской ценности путем использования информации о генотипе
Ник Боддикер, доктор наук, генетик Genesus Inc.
Сотрудники Genesus написали ряд статей о важности геномной информации для роста генетических улучшений. Причина кроется в том, что информация о геноме действительно способна значительно повысить точность определения индексов племенной ценности (EBVs), особенно для признаков с низкой степенью наследственности (общее число рожденных) или тех черт, данные по которым могут быть собраны только на туше (pH, цвет и так далее), или признаки, встречающиеся только у одного пола (черты помета), кроме того, признаки, которые довольно трудозатратно/сложно измерить (потребление корма). К этому необходимо добавить самый важный аспект – в конечном итоге геномика приносит весомую прибыль нашим клиентам.
Информация о генотипе также несет дополнительные преимущества и области применения. Одним из таковых является управление уровнем инбридинга популяции свиней. Конечно, для репродукторов или товарных производств инбридинг не представляет проблемы поскольку на этих свинофермах применяется перекрестное скрещивание пород, и животные дают потомство, не являющееся инбредным по определению. Более того, Genesus поддерживает действительно большие популяции чистопородных животных, что также уменьшает степень инбридинга. Тем не менее, инбридинг может отрицательно влиять на генетическое улучшение, поскольку он сокращает генетические вариации, что является важным критерием генетических улучшений.
Исследование и выявление различий гена при проведении анализа обще-геномных ассоциаций – это еще одно преимущество использования информации о геноме. Раскрытие сведений гена заключается в сканировании генома в тех его регионах, которые оказывают наиболее значительное влияние на экономически важные характеристики. При проведении рутинного генотипирования сотен животных каждую неделю, Genesus начал выявлять гены по ранее неизвестным признакам, например, таким, как эффективность лактации свиноматки и устойчивость к болезням.
И наконец, информация о генотипе может указать путь к открытию летальных мутаций. Летальные мутации в генах появляются, когда конкретная комбинация аллелей приводит к смерти животного, как правило, еще до его рождения. А если эта конкретная комбинация генотипа не присутствует в популяции, то данный регион может быть кандидатом для летальной мутации. Например, предположим, что самец и самка относятся к генотипу AB для гена. Поскольку родительские аллели у гена случайным образом распределены по потомству, ожидаемая частота генотипов у потомства составит 25% АА, 50% АВ или ВА и 25% ВВ. Если генотип BB отсутствует в выжившем потомстве, этот ген был бы кандидатом на летальную мутацию, то есть животные с генотипом BB погибают еще в утробе. Сообщалось, что смертельные мутации приводят к сокращению общего числа живорожденных до 2.97 поросят на помет (Derks et al., 2017). Почти на три поросенка на помет меньше – для производителя это довольно значительное влияние на прибыльность его предприятия. Для определения летальных мутаций требуется большое количество животных с информацией о генотипе. Genesus имеет возможность выполнять такие анализы, потому что компания проводит генотипирование сотен животных каждую неделю, в настоящее время мы это делаем в популяции Дюроков и также намерены проводить генотипирование наших популяций Ландрасов и Йоркширов.
Genesus продолжает заниматься передовыми исследованиями в интересах своих клиентов. Это включает в себя выявление и включение новых технологий в нашу программу племенной работы, наряду с определением новых анализов и областей их применения при использовании самых современных технологий.
